Réponse courte
Utilisez Shapefile lorsque la compatibilité est la contrainte principale. Utilisez GeoPackage lorsque vous avez besoin d'un format moderne plus propre pour les projets SIG. Utilisez GeoJSON lorsque la donnée est légère et destinée à des applications web ou des API.
Pour une infrastructure de données spatiales sérieuse, aucun de ces formats ne devrait être la destination finale pour toujours. Lorsque les workflows grandissent, une base spatiale comme PostGIS devient souvent une meilleure fondation.
Pourquoi Shapefile existe encore
Shapefile est ancien, limité et encore partout. Sa persistance vient de sa compatibilité très large. Presque tous les outils SIG peuvent l'ouvrir, mais le format est en réalité un groupe de fichiers et porte des limites sur les noms de champs, l'encodage, la taille et la structure géométrique.
Cela rend Shapefile acceptable pour l'échange, mais maladroit comme format de travail long terme.
Où GeoPackage s'insère
GeoPackage est un meilleur choix par défaut pour de nombreux workflows projet. Il peut stocker plusieurs couches dans un seul fichier, fonctionne bien dans QGIS et évite beaucoup de limites du Shapefile.
Pour les projets géologiques et terrain, GeoPackage est souvent un bon conteneur de travail pour limites, unités interprétées, contraintes et couches projet avant passage en base ou pipeline de tuiles web.
Où GeoJSON s'insère
GeoJSON est utile lorsque la donnée spatiale doit circuler dans des systèmes web. Il est lisible et simple à utiliser avec des bibliothèques cartographiques JavaScript, mais devient lourd avec de grandes géométries et ne résout ni l'indexation ni l'analyse avancée.
Bathyl traite généralement GeoJSON comme un format d'interface, pas comme le stockage autoritatif de données Terre complexes.